Le bilan n'est pas remboursé par la sécurité sociale et est entièrement à la charge du patient. Certaines caisses complémentaires prennent en charge totalement ou partiellement le coût du bilan.
Néanmoins, le profil Proteomis est une méthode assez peu couteuse. Rapporté sur 6 mois, le coût du profil, des frais médicaux et des thérapeutiques ne revient souvent pas à plus de deux à trois euros par jour.